定量蛋白质组学——Label Free
非标记定量蛋白质组学（Label Free）是近年来比较常见的一种对样本中蛋白质进行大规模相对定量分析的分析方法。
修饰技术-泛素化Label Free标记定量
（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下，将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程，与蛋白质降解和功能调控密切相关。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节
磷酸化蛋白质鉴定和定量
对样本进行酶解，TiO2或IMAC富集磷酸化肽段，5600-plus质谱检测，利用得到的质谱谱图与数据库搜索比较，从而得到肽段序列结果，计算出磷酸化位点。磷酸化蛋白选择iTRAQ定量或SWATH定量
绝对定量蛋白质组学（MRM）
利用MRM技术与同位素稀释相结合，通过对比已知浓度的标记标准品与待测样子目标离峰面积信息，从而推算分析物含量。具有灵敏度高、重现性好、准确度高和通量高等技术优势。
相对定量蛋白质组学（Label Free）
非标记定量技术（Label Free）用来比较的样品不经过任何标记，直接酶解后经过质谱分析产生数据。Label Free技术减少了前处理过程中的样品损失，在肽段的检测和蛋白质覆盖率方面具有优势；
蛋白质相互作用网络分析
蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化
药物多肽的全序列测定
药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等