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m6A近期20+高分文章汇总
一、文章展示
1、哺乳动物m6A RNA修饰的单碱基分辨率检测方法：m6A-SAC-seq
发表期刊：Nat Biotechnol
影响因子：54.908
发表时间：2022.03.14
文章链接：m6A RNA modifications are measured at single-base resolution across the mammalian transcriptome
RNA m6A修饰的功能研究由于无法在整个转录组中绘制单个m6A修饰位点而受到限制。为了实现这样的研究，作者在这里引入了m6A选择性烯丙基化学标记和测序(m6A-SAC-seq)，这是一种在单核苷酸分辨率下定量绘制全转录组m6A谱的方法。这种方法只需要约30ng的poly(A)或去rRNA的RNA。通过此技术作者绘制了RNA的m6A修饰谱，发现了许多细胞状态特异性m6A位点，它们的甲基化状态在细胞分化过程中是高度动态的。并观察了HSPC分化关键转录因子(TFs)编码或调控的转录本的化学计量以及表达水平的变化。m6A-SAC-seq是一种定量分析m6A位点在多种生物过程中的动态和功能作用的方法。
2、ployA尾的m6A修饰可以稳定VSG转录本
发表期刊：Nature
影响因子：49.962
发表时间：2022.03.30
文章链接：N6-methyladenosine in poly(A) tails stabilize VSG transcripts
RNA修饰是基因表达的重要调控因子。在布氏锥虫中，转录是多顺反子的，因此大多数调控发生在转录后。m6A已在这种寄生虫中被检测到，但其功能尚不清楚。在这项研究中，作者发现m6A在342个转录本中富集，并富集在编码变异表面糖蛋白(VSGs)的转录本中。大约50%的m6A位于活跃表达的VSG转录本poly(A)尾部。m6A残基在去烯化和mRNA降解之前从VSG poly(A)尾部被去除。计算分析显示，多聚(A)尾部的m6A与VSG基因3'UTR区的16-mer基序之间存在关联。利用遗传工具发现16-mer基序作为顺式作用基序，这是m6A包含在poly(a)尾部所必需的。从VSG基因的3'UTR区去除这个基序，导致poly(A)尾部缺乏m6A，快速的脱腺苷化和mRNA降解。这是首次在真核生物的poly(A)尾部发现RNA修饰，揭示了基因调控的转录后机制。
3、FTO在mESCs和小鼠发育中介导LINE1 m6A去甲基化和染色质调控
发表期刊：Science
影响因子：47.728
发表时间：2022.05.05
文章链接：FTO mediates LINE1 m 6 A demethylation and chromatin regulation in mESCs and mouse development
m6A是哺乳动物mRNA上最丰富的内部修饰，FTO是其去甲基化酶。尽管有广泛的研究，但FTO在哺乳动物组织和发育中的主要底物和功能仍不清楚。本研究表明，在小鼠胚胎干细胞(mESCs)中，FTO介导LINE1 RNA的m6A去甲基化，调节LINE1 RNA的丰度和局部染色质状态，进而调控包含LINE1的基因的转录。FTO介导的LINE1 RNA m6A去甲基化在小鼠卵母细胞和胚胎发育过程中也对染色质状态的形成和基因表达起调控作用。总之，FTO对LINE1 RNA m6A去甲基化的调控在哺乳动物中具有广泛的影响。
4、研究表观转录组学的技术进展
发表期刊：Cell
影响因子：41.582
发表时间：2022.03.03
文章链接：The epitranscriptome toolbox
在过去的十年，数千项研究中证实了mRNA修饰与基因表达调控有关的观点。到目前为止，新的技术和方法允许对越来越多的RNA修饰进行精确的识别、转录组范围的映射和功能表征，为这些标记的生物学提供了重要的见解。大多数方法都是为研究m6A而开发的，m6A是mRNA最常见的内部修饰。然而，其他RNA修饰的独特特性刺激了其他方法的发展。本文作者讨论了可用的工具和方法来检测和研究不同的RNA修饰。
5、在胶质母细胞瘤干细胞中转录延伸机制是一种药物依赖性和强化免疫疗法
发表期刊：Cancer Discov
影响因子：39.397
发表时间：2022.02
文章链接：Transcription Elongation Machinery Is a Druggable Dependency and Potentiates Immunotherapy in Glioblastoma Stem Cells
胶质母细胞瘤是一种由胶质母细胞干细胞(GSCs)促进的、以治疗耐药性为特征的最致命的原发性脑癌。在这项研究中，作者在大量的患者来源的GSC、分化胶质母细胞瘤细胞(DGCs)和神经干细胞(NSCs)中进行了基因表达和全基因组CRISPR/Cas9筛选，以确定GSC干细胞干细胞性的主要调节因子，揭示了RNA聚合酶ii介导的转录增加的基本转录状态。YY1和转录CDK9复合物是GSC在体外和体内生存和维持所必需的。YY1与CDK9相互作用调控GSCs的转录伸长。YY1-CDK9复合物的遗传或药理学靶向引起了RNA m6A修饰依赖的干扰素反应，减少了调节性T细胞浸润，增强了胶质母细胞瘤免疫检查点治疗的疗效。总的来说，这些结果表明，YY1-CDK9转录延伸复合物定义了胶质母细胞瘤中具有活性转录、抑制干扰素反应和免疫治疗抗性的靶细胞状态。
6、METTL16通过m6A-非依赖的方式促进翻译和肿瘤发生
发表期刊：Nat Cell Biol
影响因子：28.824
发表时间：2022.02.10
文章链接：METTL16 exerts an m6A-independent function to facilitate translation and tumorigenesis
METTL16最近被鉴定为一种RNA甲基转移酶，在一些转录本中负责m6A的沉积。METTL16是否会使大量转录产物甲基化，类似于METTL3和METTL14，目前尚不清楚。在这里，作者发现METTL16在基因调控中既发挥着甲基转移酶活性依赖的功能，也发挥着非依赖的功能。在细胞核中，METTL16作为m6A“writer”，将m6A沉积到数百个其特定的mRNA靶标中。在细胞质中，METTL16以一种不依赖于m6A的方式促进翻译。具体来说，METTL16通过其Mtase域直接与真核生物起始因子3a和b以及rRNA相互作用，从而促进翻译起始复合体的组装，促进4000多个mRNA转录本的翻译。此外，还证明了METTL16在肝细胞癌的肿瘤发生中至关重要。总的来说，本研究揭示了以前未被重视的METTL16作为m6A作者和翻译起始促进因子的双重功能，这两种功能共同促进了其在肿瘤发生中的基本功能。
7、ALKBH5通过调控PKMYT1的m6A修饰抑制胃癌侵袭
发表期刊：Mol Cancer
影响因子：27.401
发表时间：2022.02.03
文章链接：Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification
胃癌是严重危害人类健康的恶性肿瘤之一，其中胃癌转移是癌症治疗失败的主要原因之一，但m6A与胃癌转移的相关性报道较少。本研究中，作者通过m6A-MeRIP-seq、RNA-seq、RNA pull down以及RIP等技术检测ALKBH5在胃癌组织和细胞系中的表达情况、靶基因筛选和目的基因“reader”蛋白的搜索。该机制也通过肺转移模型的尾静脉注射方法得到验证。发现ALKBH5在胃癌中表达下降，与临床肿瘤远端转移和淋巴结转移有关。ALKBH5的干扰促进了胃癌细胞的转移，这种作用与ALKBH5的去甲基酶活性密切相关。PKMYT1作为ALKBH5的下游靶点，促进胃癌的侵袭和迁移。PKMYT1表达上调是由ALKBH5基因敲除或去甲基酶活性突变引起的，表明ALKBH5以依赖于m6A的方式调控PKMYT1的表达。且IGF2BP3通过其m6A修饰位点帮助稳定PKMYT1 mRNA的稳定性。综上所述，本研究建立了ALKBH5-PKMYT1-IGF2BP3转移调控系统，为胃癌转移提供了新的治疗靶点。
8、ALKBH5通过IKKε/TBK1/IRF3通路抑制RIG-I表达和干扰素α的产生进而促进肿瘤进展
发表期刊：Mol Cancer
影响因子：27.401
发表时间：2022.04.09
文章链接：The m6A demethylase ALKBH5 promotes tumor progression by inhibiting RIG-I expression and interferon alpha production through the IKKε/TBK1/IRF3 pathway in head and neck squamous cell carcinoma
m6A RNA修饰在各种生理和病理条件下发挥着重要作用。然而，m6A修饰在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的作用尚不明确。采用组织芯片技术检测HNSCC中m6A去甲基化酶的表达，利用m6A-MeRIP-seq和RNA-seq鉴定ALKBH5的下游靶点，ChIRP-MS技术寻找m6A “reader”蛋白。在此，作者证实了在HNSCC中m6A修饰下调和两种去甲基化酶上调，沉默去甲基酶ALKBH5会抑制肿瘤进展。此外，ALKBH5下调了DDX58 mRNA的m6A修饰，“reader”蛋白HNRNPC与DDX58 mRNA的m6A位点结合，促进其成熟。而过表达ALKBH5可使C3H免疫小鼠肿瘤浸润淋巴细胞数量减少，IFNα可使其恢复。在HNSCC患者中，AKLBH5的上调与RIG-I和IFNα表达呈负相关。这些发现揭示了m6A修饰通过ALKBH5/RIG-I/IFNα轴介导的免疫微环境调节的新机制，为在HNSCC中靶向外转录组调节因子的治疗提供了理论基础。
二、云序生物m6A修饰研究五大模块
01 m6A RNA修饰测序
m6A RNA修饰测序（m6A-meRIP-seq）
对m6A RNA甲基化，目前最流行的检测手段为m6A-MeRIP-Seq技术，适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序：
- m6A 全转录组测序（涵盖mRNA，LncRNA，circRNA）
- m6A LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）
- m6A Pri-miRNA测序（涵盖Pri-miRNA和mRNA）
- m6A mRNA测序
- m6A miRNA测序
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
MeRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
5.3双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
5.4 ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作，研究相应的分子调控机制。
-- 云序生物服务优势 --
优势一：发表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表71篇高水平RNA修饰文章，合计影响因子570分+，是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
优势二：至今完成4000+例 m6A测序样本，全面覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：全面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：独家提供m6A一站式服务：m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。
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