抗原又称作免疫原，是指能引起抗体生成的物质，能够刺激机体免疫系统产生特异性抗体或致敏淋巴细胞。抗原具有免疫原性，能够引起连续的免疫反应。
原则上任何可以诱发免疫反应的物质都可以做抗原，包括天然抗原和人工合成抗原，如蛋白质、多糖、脂类、核酸等。但是一个免疫原强的抗体应满足以下的要求：
（1） 分子量足够大。抗原决定簇一般有6-8个氨基酸残基构成，平均5-10kD才会有一个抗原决定簇，因此分子量太小的多肽或蛋白难以形成一个抗原决定簇。
（2） 外源性要强。机体可以对自身物质形成免疫耐受，因此抗原和体内物质完全一样或者相似就难以引起免疫应答，自然也就难以产生抗体了。
（3） 结构尽量复杂。越是结构简单的物质，免疫原性越差。简单重复的物质一般不具有免疫原性。
（4） 可降解性好。
抗原按照其来源一般可分为：
1. 纯化的天然蛋白质
天然蛋白经过修饰，具有线性表位和结构表达，结构相对来说，比较复杂，属于比较理想的抗原。但由于天然蛋白纯化要求比较高，难以获得高纯度的天然蛋白，会影响免疫和抗体纯化。因此一般只选择在机体内表达量比较高的蛋白作为抗原。
2. 纯化的重组蛋白
重组蛋白纯化技术比较多，容易获得高纯度的蛋白，并且种类、结构容易检测。选择重组蛋白要清楚这些蛋白是否带有标签，因为为了方便纯化重组蛋白，一般会添加一些标签，比如GST、His、Myc、Fc、Flag等。这些带标签的抗原在免疫动物体内户产品带有标签的抗体，需要在抗体纯化过程中将这些标签去掉。
3. 人工合成的多肽
合成的多肽可以在不同的区域作为抗原进行免疫。
4. 小分子物质
分子量大小一般不会超过1000 Da，但小于300 Da就难以获得高亲和力的抗体，因此常会链接载体后才会进行动物免疫。
5. 组织、全细胞或细胞组分
有时由于抗原靶点不清楚，会选择组织、全细胞或细胞组分作为抗原进行动物免疫。如果以组织作为抗原，则需要切除新鲜的组织，用生理盐水洗干净，然后用滤网和研杵将其分离成单个细胞。
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